El territorio en el que se levanta actualmente el pueblo de Yobaín “Sobre cocodrilos”, perteneció en tiempos prehispánicos a la Provincia de Ah Kin Chel. Entre los años de 1545 y 1555 los españoles fundan este pueblo estableciendo una Encomienda. En el transcurso del siglo XIX el pueblo de Yobaín pasa a formar parte de la jurisdicción de Temax hasta el año de 1918 en que se erige cabecera del  municipio de su mismo nombre.

Este  municipio se localiza  en la región denominada litoral norte del estado. Queda comprendido  entre los paralelos 21º 12’ y 21º 22’de  latitud norte y los meridianos 89º 69’ y  89º 64’ de longitud oeste; posee una altura promedio de 4 metros sobre el nivel del mar.  

Extensión

El municipio de Yobaín  ocupa una superficie de 81.75 Km2  al norte con Golfo de México, al sur con  Cansahcab, al este con  Dzidzantún y al oeste con  Sinanché.

Orografía

En el norte del municipio, el terreno presenta una suave pendiente en dirección hacia el mar. El territorio restante es prácticamente plano y está constituido por una llanura de barrera con piso rocoso.

Hidrografía

En el territorio  municipal no existen corrientes superficiales de Agua. Sin embargo en el subsuelo se forman depósitos comúnmente conocidos como cenotes.   En algunos casos los techos de estos se desploman y forman las Aguadas.

Clima

Es cálido semiseco con lluvias regulares en verano.  Su temperatura media anual es de 25.5º C y su precipitación pluvial media alcanza los 51.3 milímetros. Los vientos predominantes son en dirección sureste y noroeste.

Principales Ecosistemas

Flora

En la costa se presenta la vegetación característica de los litorales yucatecos: cocoteros, manglar y chit. En el interior se encuentra la vegetación propia de la selva baja caducifolia, matorrales y arbustos espinosos. 

Fauna