El territorio donde actualmente se ubica la cabecera municipal perteneció al cacicazgo de Ecab en la época prehispánica. En 1900 Río Lagartos figura en el censo como pueblo y cabecera del municipio.

Se localiza en la región litoral norte del Estado. Esta ubicado entre los paralelos 21° 24' y 21° 36' latitud norte y los meridianos 88° 02' y 88° 13' de longitud oeste. Su altura promedio sobre el nivel del mar es de 2 metros; limita al norte con el Golfo de México; al sur con Panabá, al este con Tizimín y al oeste con San Felipe.

Extensión

El municipio de Rio Lagartos ocupa una superficie de 249.09 Km2

Orografía

En su litoral cuenta con playa o barra de laderas tendidas, inundables y salinas con lomeríos. En la parte sur, la superficie del municipio es plana. Se le clasifica como llanura de barrera con piso rocoso o cementado, alta y escarpada.

Hidrografía

En el territorio municipal no existen corrientes superficiales de agua. Sin embargo, hay corrientes subterráneas que forman depósitos comúnmente conocidos como Cenotes. En alguno casos los techos de estos se desploman y forman las aguadas. Actualmente existe un registro de 6 cenotes en el municipio:

(Ruta El Eterno Oriente)

Clima

En todo el litoral del municipio el clima semi seco, templado con lluvias escasa.En la parte sur es cálido sub húmedo con lluvias en verano. Temperatura media anual de 25.4ºC y precipitación pluvial media de 41.3 milímetros; predominas los vientos procedentes del noroeste. 

Principales Ecosistemas

Flora

En las Coloradas existe vegetación de dunas consteras y en las costas del municipio crecen los manglares. Hay grandes porciones de pastizal cultivado en casi todo el territorio, pequeñas porciones de selva baja caducifolia en la parte centro y pequeñísimas porciones de selva mediana sub-caducifolia, con vegetación secundaria distribuida en el sur.

Fauna