Pese a que han sido hallados en la exhacienda Tekat, distante a un kilómetro de la hoy cabecera municipal, vestigios arqueológicos pertenecientes a la Provincia de Ceh Pech, no ha sido posible determinar si el sitio que ocupa el pueblo de Mocochá “Agua de Agujero” estuvo habitado en tiempos prehispánicos. Tampoco se ha podido precisar la fecha de su fundación por parte de los conquistadores, aunque hacia el año de 1649, en Mocochá se encontraba establecida una Encomienda a favor de Don Francisco, el hijo.

Este  municipio se localiza en la región centro norte del estado. Queda comprendido  entre los paralelos 21º 05’ y 21º 10’de  latitud norte y los meridianos 89º 27’ y  89º 30’ de longitud oeste; posee  una altura promedio de 9 metros sobre el nivel del mar.

Extensión

El municipio de Mocochá ocupa una superficie de 57.48 Km2

Orografía

El terreno de este municipio es prácticamente plano y está clasificado como una superficie de barrera con piso rocoso.

Hidrografía

En el territorio  municipal no existen corrientes superficiales de agua. Sin embargo en el subsuelo se forman depósitos comúnmente conocidos como cenotes. En algunos casos los techos de estos se desploman y forman las aguadas

Clima

Casi todo el municipio cuenta con clima cálido sub-húmedo, con lluvias en verano.  Tiene una temperatura media anual  de 26.1º C. y su precipitación media alcanza los 55.7 milímetros.  Los vientos dominantes son en dirección sureste y noroeste.

Principales Ecosistemas

Flora

Exceptuando los terrenos que se utilizan para las faenas agrícolas, la vegetación predominante del municipio corresponde a la clasificada como selva  baja caducifolia. Las principales variedades son ramón, chacá, flamboyán, tamarindo y ceiba. 

Fauna