Desde tiempos muy antiguos se asentó hacia el suroeste de Mérida un pueblito maya, que al tiempo de la colonización se le nombró San Sebastián. Hay quienes creen que por él pasó la tropa de Montejo cuando llegó a T'Hó.

Originalmente contó con pequeña ermita reconstruida de mampostería en 1796, por el regidor del Ayuntamiento meridano don Juan Esteban Quijano, hermano del cura D. Tadeo; ambos involucrados en el asesinato del Gobernador D. Lucas de Gálvez, pero absueltos al demostrar su inocencia.

En 1873 su cura Pbro. Don Irineo Muñoz le construyó la capilla que da al cuerpo principal del templo. A principios del siglo en curso fue ampliado y reformado en su fachada e interior, cuyas cornisas, columnas y pilastras fueron adaptadas a los estilos jónico, y el dórico se imprimió a su presbiterio y naves. A la fachada de simple y elevado campanario le fue agregada una maciza torre cuyo remate se construyó en 1941, y una década más tarde se rodeó al atrio de pretil y rejas. Tuvo categoría de parroquia en 1889.