19 años después de la fundación de Mérida (1542) en 1561, por petición del rey Felipe II, se erigió en catedral a la iglesia de la capital yucateca y se le dio por titular, a San Idelfonso, Arzobispado de Toledo. 37 años más tarde, se concluyó la edificación en 1598, al cual se le agregaron posteriormente otros detalles.

Su único adorno de orden civil, es el emblema nacional mexicano de la época colonia.

La maquinaria del enorme reloj que ostenta fue construida en Londres (1731) y dió las horas hasta 1871.

Algunos investigadores reconocieron restos de columnas mayas (tambores) que forman parte de la pared norte del templo. En ese mismo sitio, donde hasta hoy se encuentran varias cruces de madera, está la entrada a un manantial clausurada desde hace mucho y que se reconoce por un arco tapiado.

Su estilo arquitectónico es morisco en las torres e interior, y la fachada es renacentista.

Tiene retablos de estilo barroco, guardando entre sus muros, recuerdos de hechos históricos y de leyendas.

En el interior se pueden admirar la capilla del Cristo de las ampollas (1656), el bautisterio y capilla del sagrario (1904), la sacristía y capilla de San José (1610), así como la capilla del rosario (1610).