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1546.- Llegada del primer grupo oficial de religiosos franciscanos para dar inicio a la evangelización de Yucatán.

1547.- Finaliza la etapa de conquista de la península.

1549.- Juicio de residencia del Adelantado Francisco de Montejo.

1550.- Gaspar Xuárez de Ávila, primer Alcalde Mayor de Yucatán.

1552.- Visita la península el oidor Tomás López Medel.

1554.- Muerte del Adelantado Francisco de Montejo.

1561.- Primera irrupción de los corsarios franceses en Campeche.

1562.- Yucatán pasa a formar parte de manera definitiva del reino de la Nueva España. Año en que Fray Diego de Landa efectuó el famoso y polémico Auto de fe de Maní *.

1565.- La Alcaldía Mayor de Yucatán recupera su título de Gobierno de Yucatán. Muerte de Francisco de Montejo "El Mozo".

1571.- La población de Hunucmá es saqueada por los piratas.

1573.- Fray Diego de Landa es nombrado Obispo de Yucatán.

1598.- El pirata William Park ataca Campeche.

1617.- El territorio de Yucatán adquiere nuevamente el grado de Gobierno y Capitanía General.

1624.- Comienza a otorgar títulos universitarios el Colegio de San Francisco Javier en Mérida.

1635.- Los bucaneros "Pie de Palo" y "Diego el mulato" se apoderan de Campeche.

1663.- El filibustero Mansvelt ataca Campeche.

1685.- Los corsarios Laurent Graff alias "Lorencillo" y Grammont saquean nuevamente Campeche.

1711.- Fundación del Colegio Meridano de San Pedro.

1716.- Juan Gómez Parada asume el obispado de Yucatán.

1752.- Fundación del Seminario Conciliar de San Ildefonso.

1761.- Levantamiento indígena de Cisteil comandado por Jacinto Canek.

1778.- Disposiciones de Carlos III ordenando la destrucción de la industria del aguardiente de caña.

1786.- Cambio en la organización colonial de la Nueva España. El Gobierno y Capitanía General de Yucatán se transforma en la intendencia de Mérida.

Auto de fe de Maní: A pesar de las campañas de conversión, la antigua religión de los mayas no había desaparecido, sólo estaba escondida y Diego de Landa ya citaba (y reprobaba) en 1558 esta situación que se desataría en 1562 cuando Landa llega a Maní y constituye un tribunal religioso al que pronto convierte en Inquisición ordinaria. Los interrogatorios a los indios condujeron al decomiso de sus imágenes y piedras sagradas. Al menos seis indios huyeron a la selva y allí se ahorcaron antes que confesar la localización de las imágenes que ellos protegían. Tras el interrogatorio y tortura se realizó un gran Auto de Fe en Maní el 12 de julio de 1562 en que Landa hizo quemar unos 5000 ídolos y objetos sagrados. Algunos indios (por su cultura) no pudieron soportar el serles cortado el pelo y vestida la coroza y se suicidaron posteriormente.