El municipio  se localiza en la  región litoral oeste del estado. Se localiza entre los paralelos 20º 41’ y 20º 49’  de latitud norte y los meridianos 89º 49’ y 89º 65’ de longitud oeste. La altitud sobre el nivel del mar es de 14 metros.

Extensión

El municipio de Chocholá  ocupa una superficie de 99.64 Km2.

Orografía

Toda la extensión es plana, clasificada  como llanura de barrera, con piso rocoso  o cementado, altamente escarpado. 

Hidrografía

En el territorio municipal no existen corrientes superficiales de agua. Sin embargo,  hay corrientes subterráneas que forman depósitos comúnmente conocidos como cenotes. En algunos casos los techos de estos se desploman y forman las Aguadas.

Clima

La región está clasificada como cálida subhúmeda con lluvias en verano, durante éstas se presentan las llamadas sequías de medio verano. Tiene una temperatura media anual de 26.8º C y una precipitación pluvial media anual de 1200 milímetros. Los vientos dominantes provienen en dirección del noroeste y suroeste.

Principales Ecosistemas

Flora

En las regiones, sur, centro, sureste y oeste del municipio, la vegetación está clasificada como selva baja caducifolia. Algunas de las especies más comunes son las siguientes: amapola, alche, ramón, zapote, tamarindo, pochote, kanisté, chucum, chakah. 

Fauna