Sobre la fundación de Cenotillo “Cenote Pequeño” cabecera del municipio del mismo nombre, se desconocen los datos exactos. En la época prehispánica perteneció a la provincia de los cupules y después (de realizada la conquista), permaneció bajo el régimen de las encomiendas, entre las que se pueden mencionar la de don Diego Burgos y don Diego López de Ricalde en 1583; y la de don José Domingo Pardío en 1744. 

Declarada la independencia de Yucatán del reino español y su posterior anexión al resto de la republica mexicana, la población empieza a figurar como cabecera del municipio teniendo bajo su jurisdicción a 3 pueblos anexos: Tixbacab, Sucilá, Panabá. El 25 de enero de 1886 adquiere el título de villa por decreto, mismo que es derogado 36 años después para volver a la categoría de pueblo. Sin embargo es posible que después hubiera otro decreto, ya que en 1930 reaparece como villa.

El municipio se localiza en la región oriente del estado. Queda comprendido entre los paralelos 20º 55’ y 21º 09’ de latitud norte y los meridianos 88º 26’ y 88º 48’ de longitud oeste; posee una altura de 16 metros sobre nivel del mar. 

Extensión

El municipio de Cenotillo ocupa una superficie de 614.43 Km2.

Orografía

Toda la superficie es plana, considerada como llanura de barrera con piso rocoso o sementado, escarpado. 

Hidrografía

En el territorio municipal no existen corrientes superficiales de agua. Sin embargo en el subsuelo se forman depósitos comúnmente conocidos como cenotes. En algunos casos los techos de estos se desploman y forman las aguadas. Actualmente existe un registro de 12 cenotes en el municipio de los cuales citamos algunos:

(Ruta No Especificada)

Clima

La región está clasificada como cálida subhúmeda con lluvias en verano (mayo - julio), durante éstas se presentan las llamadas sequías de  verano. Tiene una temperatura medial anual de 26.3º C y una precipitación pluvial de 1,200 milímteros. Los vientos dominantes provienen en dirección este - oeste. Humedad relativa promedio anual marzo 66% - diciembre 89%.

Principales Ecosistemas

Flora

La mayor extensión municipal esta dedicada a la agricultura de temporal; existen porciones consideradas como selva baja caducifolia con vegetación secundaria, cuyas especies mas comunes son: zapote, cedro y jabín. Cabe indicar que existe una pequeña extensión de selva mediana superenninfolia donde predomina el pasto forrajero. 

Fauna