Sobre la fundación de Bokobá “Agua que se vadea o agita” se desconocen los datos exactos. Perteneció a la privincia de Ceh-Pech antes de la conquista y después estuvo bajo el régimen de las encomiendas, entre las que se pueden mencionar la de don Esteban Pérez Montiel con 481 indios a su cargo en 1700. La evolución de la población comienza en 1821 cuando Yucatán se independiza de la Corona Española.

El municipio se localiza en la región norte  del estado. Queda comprendido entre los paralelos 20º 57” y 21º 04”  de latitud norte y los meridianos 89º 09” y 89º 14” de longitud oeste. Está a una altura promedio de 10 metros sobre el nivel del mar. La cabecera del municipio es Bokobá cuya distancia geográfica a la ciudad de Mérida es de 44 kilómetros.

Extensión

El municipio de Bokobá  ocupa una superficie de 48.54 Km2

Orografía

Este municipio es totalmente plano calificado  como llanura de barrera, con piso rocoso o cementado altamente escarpado. 

Hidrografía

En toda la extensión territorial no existen corrientes superficiales de agua. Sin embargo,  hay corrientes subterráneas que forman depósitos comunmente conocidos como Cenotes.  En algunos casos los techos de estos se desploman y forman las Aguadas. Actualmente existe un registro de 5 cenotes en el municipio:

(Ruta No especificada)

Clima

La región donde se localiza el  municipio está clasificada como cálida subhúmeda con lluvias en verano (mayo - julio), durante éstas se presentan las llamadas sequías de medio verano. Tiene una temperatura medial anual de 26.3º C y una precipitación pluvial   de 1,200 milímetros. Los vientos dominantes provienen en dirección noreste y suroeste. Humedad relativa promedio anual marzo 66%- diciembre 89%.

Principales Ecosistemas

Flora

La mayor parte del territorio está dedicado a la agricultura de temporal; existen porciones clasificadas como selva baja caducifolia con vegetación secundaria,  cuyas principales especies son el ramón, el chico zapote y el chaca. 

Fauna