Construido en el mismo sitio en el que estuvieron las antiguas Casas Reales de Gobierno, conforme al proyecto realizado en 1879, según diseño del Ing. Olegario G. Cantón, la obra no se inició durante el gobierno del Lic. Manuel Romero Ancona, quién fue el que concibió el proyecto y obtuvo la autorización de la H. Legislatura para su edificación. En su construcción participaron los ingenieros David Casares Galera y Vicente Solís León, se realizó a partir de 1887, cuando era gobernador del estado el Gral. Octavio Rosado, quien coloca la primera piedra el 2 de abril del mismo año. Se terminó de construir en el año de 1892, siendo inaugurado por el entonces gobernador Daniel Traconis.

Sus corredores y dependencias han sido testigos de grandes sucesos históricos entre los que sobresalen la inauguración misma del edificio el 15 de septiembre de 1892; la instalación de la estación meteorológica en la azotea en 1903; el banquete ofreció al Gral. Porfirio Díaz Mori en febrero de 1906 con motivo de su visita a Yucatán; la heroica defensa del gobierno del Tte. Cnel. Eleuterio Avila Valdós y Lanz, al declararse en rebeldía las tropas de la desaparecida Ex Ciudadela de San Benito en enero de 1915; la llegada del Gral. Salvador Alvarado Rubio con sus tropas en marzo del año acabado de citar, luego de sus triunfos en los combates de Blanca Flor y Poc Boc; la precipitada salida del Sr. Felipe Carrillo Puerto en diciembre de 1923 al conocerse la sublevación de la tropa federal enviada a Campeche para reprimir a los revolucionarios huertistas y la inauguración de los murales del maestro Fernando Castro Pacheco en el Salón de la Historia en 1974, durante la administración gubernamental del Sr. Carlos Loret de Mola Mediz, por sólo citar algunos. También son obra del distinguido artista, los murales ubicados en los corredores superiores e inferiores del Palacio y las ocho efigies que integran el llamado Salón de los Retratos en la segunda planta del edificio.