El terreno ubicado en las calles 57 y 59 por 58 y 60, originalmente debía utilizarse para la construcción de un Colegio de Jesuitas, según lo dispuso el capitán Don Agustín Palomar, quien al fallecer legó fortuna y terreno para este fin. Con la aportación de otras cantidades y el decidido apoyo de las autoridades civiles y religiosas se logró el objetivo. En el año de 1618 fue inaugurado con el nombre de San Francisco Javier, un convento de la Compañía del Jesús con su iglesia, anexo al colegio.

Años después, este importante colegio fue elevado a la categoría de Universidad, bajo la responsabilidad de los jesuitas, hasta que en el año de 1767 se expulsó a los religiosos de esa orden. El edificio fue ocupado posteriormente por los franciscanos de la ''Tercera Orden'', circunstancia de la que tomó su nombre la iglesia; los franciscanos abandonaron la antigua casa de los jesuitas y se dispuso la apertura de la iglesia al público, quedando como parroquia de pardos y morenos. Antes de finalizar el período colonial el antiguo edificio de los jesuitas fue demolido y abierta una calle intermedia que dividió en dos la antigua manzana.

En 1917 se fijó como local del poder Legislativo el entonces ex templo de ''Tercera Orden''. A partir de 1920 el templo continuó con su uso de centro de evangelización de quien así lo desee hasta nuestros días.