A mediados del siglo XIX, las leyes de Reforma y su aplicación en Yucatán no perturbaron gran cosa las condiciones y el uso del predio, pues aunque se determinó la propiedad del Estado sobre él, prosiguió como residencia obispal hasta mediados del mes de marzo de 1915, cuando hace su entrada a la ciudad de Mérida el Gral. Salvador Alvarado Rubio, investido de poderes extraordinarios por el Primer Jefe del Ejército Constitucionalista, Venustiano Carranza. Alvarado se adueñó de la Catedral y el Palacio Episcopal, convertido ya en Palacio Arzobispal; Mons. Martín Tritschler y Córdova fue el último obispo y el único Arzobispo que habitó la casa de los prelados. Alvarado dispuso la ocupación del Palacio Episcopal para servir de alojamiento a sus tropas, las que permanecieron hasta el 24 siguiente.
Tres meses bastaron para que Alvarado se declarara abiertamente en contra la Iglesia. El 5 de junio de 1915 incautó la antigua sede obispal y decidió cambiar su aspecto, adornarla, modernizarla. Así, la fachada sencilla, lisa y austera del Palacio Episcopal, típica del estilo colonial yucateco, cedió el lugar a otra de estilo afrancesado; se modificaron los corredores del interior e incluso algunas de sus habitaciones. Alvarado encargó al entonces Director de Obras Públicas, Manuel Amábilis, las reformas que dieron lugar al edificio tal y como se ve en la actualidad, es decir, la remodelación de las fachadas norte, sur y poniente y la apertura de una calle que lo separase de la Catedral, lo que significó la demolición de las dos capillas que unían ese edificio con la Catedral. Posiblemente el edificio toma su nombre de la sociedad literaria “Ateneo Peninsular” de la cual fue sede después de su remodelación en 1915, comenzando a denominarse así en ese mismo año. Varias fuentes apuntan que de 1915 a 1918, se gastaron más de 105 millones de pesos en esta obra, destinada originalmente a la sociedad intelectual Ateneo Peninsular, nombre propuesto por Calixto Maldonado pero que sólo subsistió tres años, de 1923 a 1926.
Desde entonces dos esculturas reposan enmarcando el escudo nacional de principios de siglo que adornan el friso superior del edilicio. Debajo, el título ATENEO PENINSULAR, en honor a la primera sociedad de ese nombre. Para tener una mejor idea del porqué de las transformaciones ordenadas por el general Alvarado en el Palacio Episcopal, hay que hacer un poco de historia y ubicarnos en el período del Porfiriato, que abarca desde el último tercio del siglo XIX hasta 1915. Durante este período se da una transformación de la arquitectura y el urbanismo imperantes en la etapa colonial, transformación sustentada por cambios económicos y sociales del Estado, sobre todo por el desarrollo de la industria henequenera. Durante este período se inicia la construcción del Paseo de Montejo.
En el centro de la ciudad las nuevas manifestaciones arquitectónicas aparecieron, en la mayor parte de los casos, sobre la misma estructura colonial existente, misma que fue “reciclada” y convertida al eclecticismo. El estilo Ecléctico tiene cuatro tendencias: neoclásica, afrancesada, manierista-barroquizante y neogótica, que comparten elementos en común pero que tienen características muy propias: verticalidad en puertas y ventanas, pórtico alejado de la calle y en nivel elevado para jerarquizar los edificios, escalinatas, vestíbulos de grandes dimensiones y a doble altura, algunas casas con semisótano, profusión ornamental en carpintería y herrería, remates tipo crestería con elementos vegetales, escudos, etc.
Es precisamente la combinación de elementos de la tendencia Neoclásica, la que se encuentra expresada en el Ateneo Peninsular: entablamentos con frontones, cornisas simples y con dentículo y frisos con triglifos, cornisas y molduras corridas en la parte superior y a lo largo de la fachada, vanos enmarcados con jambas sobresalientes del paño general, usos de los ordenes jónico, corintio y mixto en columnas y capiteles, pilastras simuladas adosadas, almohadillas en tablas, biselado y bocelado, ménsulas escudos, guirnaldas, pebeteros.
