La vida de una casa o una ciudad no está dada sólo por la forma de sus edificios ni por los ornamentos ni los planos, sino también por los acontecimientos y situaciones que registraron. Y eso es precisamente lo que encontramos en el Ateneo Peninsular. La historia del Ateneo es, pues, un repaso de la historia de Mérida. Lo vemos surgir primero en la época colonial, como un edificio que refleja las características de ese momento, con sus grandes y espaciosos salones, patio interior y austera decoración en el exterior, los muros lisos casi sin decoración y pintadas de blanco a la cal. No lo perdemos de vista cuando se convierte en escenario de uno de los episodios que, por su contenido religioso y político, bien pudo costarle a Yucatán hundirse en una interminable batalla por el poder.

La Guerra de Independencia detuvo la vida cultural y económica, al igual que el progreso material de la ciudad debido a que sus recursos económicos estaban sumamente mermados. El tránsito arquitectónico a la vida independiente se hizo sin grandes cambios; y de hecho la ciudad no ve modificado su aspecto.

Sin embargo, a las leyes promulgadas por el gobierno de Benito Juárez ordenando la desamortización de los bienes del clero, sigue uno de los períodos más importantes en la historia de Yucatán en general y de Mérida en particular: el auge henequenero, que dio a la entidad riqueza y prosperidad, y que vivió sus mejores días bajo la dictadura de Porfirio Díaz. Los 30 años que duró su gobierno fueron de mucha actividad arquitectónica; la ciudad creció y se transformó considerablemente. Todo esto genera una notable modificación de la arquitectura regional, pues los antiguos modelos coloniales y los de la época independiente son transformados y sustituidos por las nuevas modas de corte ecléctico. El neoclásico en su versión decimonónica, el neogótico y la corriente ecléctica arquitectónica, se constituyen como modas que imitan o interpreta los principios formales y expresivos de estas corrientes, tendencias o estilos.

La Mérida que vio llegar la modernidad porfiriana sufrió también un caudal de consecuencias no deseadas, ya que la capital experimentó una transformación cultural de la que derivaron numerosos problemas socioeconómicos. De nuevo vemos el protagonismo del Ateneo Peninsular, ya que de aquellos días tumultuosos y agitados, producto del momento inmediato a la Revolución, fue una época en la que todavía no se establecía el orden en todo el país, con el consecuente ascenso de varios líderes revolucionarios. Durante el régimen de Venustiano Carranza, el 19 de marzo de 1915 entraron a Mérida las tropas constitucionalistas al mando de Salvador Alvarado.

La sociedad que encontró el general sinaloense había experimentado cambios muy considerables durante la segunda mitad del siglo XIX. Para esta época, al igual que en la mayor parte de los cien años anteriores, es poco lo que logra hacer la capital yucateca en materia de crecimiento arquitectónico. Sin embargo, es de destacar que uno de los pocos edificios que vivió una remodelación fue el del Palacio Episcopal, ya que es en ese momento en el que su nombre cambia a Ateneo Peninsular y se le incorporan elementos decorativos que no corresponden a su diseño original. A partir de 1940 aproximadamente, se puede decir que el país entra a su etapa moderna y se establece una situación pacífica. Así, la ciudad de Mérida pierde a principios del siglo XX una gran parte de su aspecto colonial y se convierte en una ciudad cosmopolita.